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インフォマティクス解析

LINEUP

構造インフォマティクス解析

  • 1.タンパク質の３次元構造予測
  • 2.ドッキングシミュレーション
  • 3.MDシミュレーション
  • 4.化合物デザイン
    （コンサルテーションも含む）
  • 5.酵素変異体作製

NGSデータ二次解析

  • 1.bulk RNA-seq解析
  • 2.シングルセルデータ二次解析
    (ベーシック）
  • 3.シングルセルデータ高次解析
  • 4.RNA velocity解析
  • 5.Bactopiaを用いた微生物解析

バイオイメージング/画像解析

  • 1.細胞・組織の大規模な機械認識
  • 2.行動追跡・時系列データの解析
  • 3.3Dモデリング構築と解析
  • 4.マルチプレックス空間生物解析

データキュレーション/自動化パイプライン構築

  • 1.データクレンジング、キュレーション
  • 2.実験データの統合、可視化支援
  • 3.実験環境の自動化

マテリアルズインフォマティクス解析

  • 1.材料劣化の数値モデリング
  • 2.ベイズ理論に基づくピーク分離
  • 3.中空糸膜配置の画像解析
  • 4.画像のトポロジカルデータ解析
  • 5.高分子材料開発における配合、プロセス条件の探索

受託サービスお問い合わせ

受託サービス詳細

A

構造インフォマティクス解析

計算化学、分子シミュレーション、分子設計等における様々なテーマに対応しており、豊富なSBDD（構造ベース創薬）技術を有しています。

A-1

タンパク質の３次元構造予測

A-1-1

タンパク質の３次元構造予測
内　容 タンパク質とリガンドの３次元複合体構造を予測する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

A-2

ドッキングシミュレーション

A-2-1

ドッキングシミュレーション
内　容 リガンドのタンパク質へのドッキングおよび結合親和性を予測する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

A-3

MDシミュレーション

A-3-1

MDシミュレーション
内　容 タンパク質/リガンド/水の分子動力学計算および結合親和性を予測する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

A-4

化合物デザイン（コンサルテーションも含む）

A-4-1

化合物デザイン（コンサルテーションも含む）
内　容 タンパク質の３次元構造からリガンド分子をデザインする。化合物デザインのコンサルテーションも行う。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

A-5

酵素変異体作製

A-5-1

酵素変異体作製
内　容 蛋白質とリガンドの複合体構造をAlphafold2 で予測し、分子動力学計算から得られる代表複合体構造について相互作用エネルギーを推定する。
得られた変異アミノ酸の候補20個を提案する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 2か月程度～

B

NGSデータ二次解析

お客様で取得済のNGS解析データを用いて二次解析を行います。ご要望に合わせたデータ解析処理、可視化などに対応しており、お客様のご希望の形で納品させていただきます。

B-1

bulk RNA-seq解析

B-1-1

bulk RNA-seq解析
内　容 発現変動遺伝子に基づくエンリッチメント解析を行い、得られたパスウェイの上位遺伝子に対するコンパウンド候補をデータベースより抽出する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

B-2

シングルセルデータ二次解析(ベーシック）

B-2-1

シングルセルデータ二次解析(ベーシック）
内　容 カウントマトリックス（fastqの場合cell ranger解析を含む）ファイルから、QC、doublet除去、クラスタリング解析、細胞種予測までを実行する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

B-3

シングルセルデータ高次解析

B-3-1

シングルセルデータ高次解析
内　容 ベーシック解析の結果をもとに以下のような解析を組み合わせて行う。
・ fate解析
　細胞のlineage及びpseudotimeを推定した上、lineageごと分化及び発現変動遺伝子を抽出する。
・ CNV解析 (ex: inferCNV)
　細胞のコピー数を予測する。
・ SNP解析 (ex: cellsnp-lite)
　細胞のSNPを抽出する。
・ 細胞間相互作用解析 (ex: CellPhoneDB)
　細胞間のリガンド・レセプタ・発現により関係性を予測する。
・ 共発現ネットワーク解析 (ex: hdWGCNA)
　発現レベル上高度相関した遺伝子ネットワークを抽出する。
・ 遺伝子制御ネットワーク解析
　転写因子の活性予測を行う。
・ 細胞分化能解析
　細胞の成熟度を推定したうえで分化能を予測する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

B-4

RNA velocity解析

B-4-1

RNA velocity解析
内　容 ベーシックなシングルセルデータ解析を実行後、scVeloを用いてRNA velocityの推定を行う。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 2か月程度～

B-5

Bactopiaを用いた微生物解析

B-5-1

Bactopiaを用いた微生物解析
内　容 Bactopiaスタンダードパイプライン及びご指定のBactopia tools解析を実行する。
提出物 報告書、解析データ
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

C

バイオイメージング/画像解析

バイオ医療画像や動画の大規模処理やオートメーション解析を行います。生物画像解析ソフトImageJ、画像解析ライブラリOpenCV、機械学習や深層学習を利用する解析にご対応いたします。

C-1

細胞・組織の大規模な機械認識

C-1-1

細胞・組織の大規模な機械認識
内　容 培養細胞や腫瘍細胞の画像から粒子解析や深層学習セグメンテーション（U-Net、StarDist、Cellpose）により細胞を自動検出して、輝度や形態素などを一括計測してターゲット細胞をクラスタリングする。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

C-2

行動追跡・時系列データの解析

C-2-1

行動追跡・時系列データの解析
内　容 DeepLabCutなどのオープンソースを組み合わせて、実験動物の動画データからポーズトラッキングによる姿勢判別を自動化し、行動薬理研究などを支援するシステムを構築する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 3か月程度～

C-3

3Dモデリング構築と解析

C-3-1

3Dモデリング構築と解析
内　容 CTやMRIスキャン画像、光シート顕微鏡、電子顕微鏡（FE-SEM）などの三次元構造の自動セグメンテーションを実施。Blenderなどを用いた3Dモデル構築。体積や形態などの計測や統計解析を行う。
提出物 報告書、3Dプリンタ用モデルデータ、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 3か月程度～

C-4

マルチプレックス空間生物解析

C-4-1

シングルセル・マルチプレックス空間生物解析
内　容 Xenium、CosMx、CyTOFなどの大規模な遺伝子発現やマスサイトメトリーのイメージング機器で得られたマルチプレックスデータと画像の距離解析（scanpy、squidpy）などを行う。RNAseqや発現解析も含めて対応する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 3か月程度～

D

データキュレーション/自動化パイプライン構築

化学・バイオの専門家が、AI（機械学習、深層学習）などの学習に用いるためのデータ収集、キュレーションに対応いたします。実験室で取得されるデータの統合や可視化のためのツールをPython、Rなどのプログラム言語を使用して作成いたします。

D-1

データクレンジング、キュレーション

D-1-1

データクレンジング、キュレーション
内　容 AI （機械学習、深層学習）などを用いた予測ツールの学習に使用するために、公共データベースからのデータ収集やデータクレンジング、キュレーションを行う。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

D-2

実験データの統合、可視化支援

D-2-1

実験データの統合、可視化支援
内　容 ラボ内で取得する実験データを統合し作表やグラフ作成など可視化を行うためにプログラム言語（Python、R など）を用いてツールを作成する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

D-3

実験環境の自動化

D-3-1

実験環境の自動化
内　容 業務効率化のための大サイズデータ・大量ファイルデータの処理の自動化や一連の作業のモジュール化を行う。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

E

マテリアルズインフォマティクス解析

材料開発と製造プロセスの最適化を支援するインフォマティクスサービスを提供。AIとデータ解析を活用し、材料特性予測や工程の効率化を加速。各種材料設計や化学プロセス改善など、幅広い分野で成果を創出します。

E-1

材料劣化の数値モデリング

E-1-1

材料劣化の数値モデリング
内　容 材料や電池の劣化現象を反応速度論や物理法則に基づきモデル化。数値モデルに基づいたシミュレーションを実装する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

E-2

ベイズ理論に基づくピーク分離

E-2-1

ベイズ理論に基づくピーク分離
内　容 各種スペクトルやクロマトグラムにおける、特にピーク位置の近接により分離困難なピークの個数・位置・半値幅の推定をベイズ理論に基づくモンテカルロシミュレーションによって行う。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

E-3

中空糸膜配置の画像解析

E-3-1

中空糸膜配置の画像解析
内　容 多数の中空糸膜を内蔵するモジュールの断面画像から中空糸膜の配置を抽出し、最近接糸膜間距離や近接糸膜数の分布等を自動計算するプログラムを作成する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

E-4

画像のトポロジカルデータ解析

E-4-1

画像のトポロジカルデータ解析
内　容 走査電子顕微鏡 (SEM)画像・透過電子顕微鏡(TEM)画像や多孔体の3次元CTデータに二値化やフィルタ等の前処理を行い、ナノ粒子の凝集構造や多孔体における孔の分布のトポロジカルデータ解析を実施。PHダイアグラムの主成分解析や逆解析により特徴量の抽出を検討する。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

E-5

高分子材料開発における配合、プロセス条件の探索

E-5-1

高分子材料開発における配合、プロセス条件の探索
内　容 機械学習を活用して有機材料の配合及びプロセス条件を設計し、目標の物性条件を満たす材料の配合比率や製造パラメータを回帰モデルの逆解析により探索する。また工場におけるプロセス異常要因の解明 ・製造時の品質不良の原因となっている工程を統計解析により絞り込む。
提出物 報告書、解析データ、スクリプト
価　格 要ご相談
納　期 1か月程度～

受託サービスお問い合わせ

ご相談事例

研究DXについて相談したい

  • 研究DXに興味はあるがどこから手を付けてよいか分からない
  • 研究DXの工程を効率化したい

各種解析業務を自動化、効率化したい

  • 細胞染色画像データの解析業務を自動化したい
  • 行動薬理実験の動画データの解析を自動化したい
  • ImageJを組み込んだ自動化パイプラインを作成してほしい

構造インフォマティクスを活用したい

  • 分子標的薬の創出にSBDDを活用したい
  • 合成酵素の収率改善のためにin silicoで変異体候補を探したい

リソースが足りない

  • FTE（full-time equivalent）契約を活用して人員工数を確保したい
  • 大型の契約ではなく、スポットで必要な部分のみ委託したい
  • ソースコード（スクリプト）も一緒に納品してほしい
  • 成功の確率が見えないのでマイルストーン形式で契約したい

NGS（次世代シーケンス）データを活用したい

  • 自社または外注して溜まっているNGSデータの再クラスタリングしたい
  • 論文などに記載されているアドバンス解析をトレースしたい

特長

  • お客様の
    ご状況に合わせた
    サービスをご提案

    インフォマティクス業務を導入される以前の段階のお客様からすでにご活用中のお客様まで幅広くサービスの提供をさせていただいております。また、非常に高額と言われるIT関連の委託業務も必要な部分のスポット契約を活用することによって、高い費用対効果を実現させることが可能です。

  • 不確定要素の
    多い依頼にも
    対応可能

    何から手を付けてよいか分からず、期間も予測できない場合でも、各ステップごとにマイルストーンを設定し、課題解決までの道筋を可視化してご提案いたします。
    受託実績もございますので、受託サービス詳細をご覧ください！

  • ワンストップ
    サービス

    さまざまな分野のスペシャリストが在籍しているため、複合的なプロジェクトを自由な組み合わせでご依頼頂けます。データ収集からデータベースの構築、構築したモデルの評価、シミュレーション、ヒット化合物の合成、標的タンパク質の調製、それらを用いたウェットな結合実験、画像解析まで、お客様のプロジェクトを丸ごとご依頼いただくことも、ご希望の部分だけを切り出してご依頼いただくことも可能です。

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ご契約の流れ

ご契約や業務遂行に際しては徹底したコンプライアンス体制に基づいたプロセスマネジメントを行います。
ご契約形態＆プロセスは、こちらからもご確認いただけます。

  • STEP1

    相談

    まずはお問い合わせフォームよりご連絡

    頂戴したご相談内容に応じて、担当者よりご連絡いたします。

  • STEP2

    事前打ち合わせ

    NDA締結事前に開示可能な情報より受託可否について回答

    事前打ち合わせのみでお見積もり提示が可能なケースもあります。

  • STEP3

    NDA締結

    詳細打ち合わせに際して、NDA締結から着手

  • STEP4

    詳細打ち合わせ

    お見積り提示を目的とした、詳細打ち合わせを実施

  • STEP5

    お見積り提示

    詳細打ち合わせに基づき、お見積もりを提示

  • STEP6

    ご発注

    取引基本契約書を締結、および案件単位・検収単位での
    注文書による都度発注を推奨

    試験目的やご予算に応じて、試験規模、契約期間、検収単位を柔軟にご設定いただくことが可能です。

  • STEP7

    受託サービスの
    ご提供

    試験途中での打ち合わせ・中間報告などに対応

  • STEP8

    最終報告(納品)・
    検収

    最終報告(納品)時に、検収に必要な書類およびご請求書を提出

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