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検索結果数: 17 件
無機有機ハイブリッドコート剤のラボスケール合成
指定機器を用いた選択的有機化学反応の研究
FTE指定化合物の合成
アミノアルコールの合成
FTEアゾール化合物の合成
RAFT重合による共重合体のスケールアップ検討
製造工程におけるパラメータ最適化と品質予測モデル構築
化合物スクリーニング用データ解析システムの開発と多機器対応プロトコル検証
分子動力学シミュレーションによるアゴニスト候補食品化合物の探索
試験概要
食品化合物データベースから標的タンパク質に結合する可能性を持つ化合物を選定し、分子動力学(MD)シミュレーションで安定性を評価した。まず、ドッキングスコアや構造類似性を基に数10~100程度の化合物を抽出し、標的タンパク質との複合体構造を作成。数ナノ秒規模のMD計算で、タンパク質・リガンドのRMSD変化と結合自由エネルギー(MM-PBSA法)を解析した。結果として、構造変化が小さく、結合自由エネルギーが高い化合物を有望候補として選定した。さらに、機械学習モデルから経口吸収されやすい化合物を予測・選択した。MDシミュレーション由来の化合物とドッキングシミュレーション由来の化合物を合わせて有望候補化合物とした。食品由来成分の創薬応用に向けた科学的根拠を提示し、効率的なバーチャルスクリーニング手法の有用性を示した。
食品化合物データベースを用いた標的タンパク質阻害候補の探索:ドッキングと分子動力学解析
試験概要
標的タンパク質間の相互作用を阻害する食品由来化合物を探索するため、バーチャルスクリーニングと分子動力学(MD)シミュレーションを実施した。食品化合物データベースから分子量や構造条件を満たす数1000規模の化合物を対象に、AutoDock Vinaを用いて標的タンパク質のドメイン構造へのドッキング解析を行い、結合自由エネルギーに基づき候補化合物を選定した。さらに、数ナノ秒規模のMDシミュレーションで複合体の安定性を評価し、RMSD変化が小さい化合物を最終候補として提案した。オートファジー促進や細胞老化制御に寄与する可能性を持つ食品化合物の有望な阻害候補を提示した
光沢剤の定量分析
CReMによる構造生成プログラムの開発と機械学習を用いた候補分子ランキング:Streamlit GUIアプリ実装、マニュアル整備および技術コンサルテーション
試験概要
委託者との打合せを通じて実用化したい構造生成の方向性を検討し、手法としてCReM(chemically reasonable mutations)を選定した。これに基づきPythonによる分子構造生成プログラムを開発し、導入支援とマニュアル作成、プロジェクトへの応用に関する技術コンサルテーションを併せて実施した。委託者保有の化合物群と公開化合物データを組み合わせてフラグメントデータベースを構築し、Grow/Mutate/Linkの各生成モードをJupyter Notebook上で実装した。さらに、これらをブラウザ上で操作できるGUIアプリ(Streamlit)として実装し、分子の入力から置換位置の指定、候補生成、選択、結果の出力と生成経路の記録までを一連の流れで行える構成とした。予測ランキング画面では、機械学習モデルにより候補を予測値で順位づけし、予測の確からしさを併せて確認できる設計とした。プログラム一式は環境構築・起動・操作の各手順書を添えて納品し、操作説明を行うことで委託者側で運用できる状態とした。






